《塞尔达传说智慧的再现》背景故事引人入胜，讲述了塞尔达公主在冒险中寻找失踪的林克与拯救海拉鲁国王及人民的旅程。在一场激战之后，林克失踪，海拉鲁各地出现神秘裂缝，连国王也遭吞噬。塞尔达公主毅然踏上征程，力图拯救一切。

塞尔达公主的冒险

剑士林克找到了被加侬掳走的塞尔达公主。

在激战过后，林克终于打倒加侬，

结果却被神秘的裂缝吞噬，失去了踪迹。

神隐……

广阔的海拉鲁各处出现了神秘的裂缝，

不只是林克，海拉鲁的人和物件，

连海拉鲁国王与他的亲信们都被吞噬了。

幸存的塞尔达公主为了拯救父亲海拉鲁国王、

人民与林克，踏上了海拉鲁巡回之旅。